Otra alternativa popular al tiempo de ejecución son los millones de operaciones en punto flotante por segundo, abreviadamente megaFLOPS o MFLOPS, pero siempre pronunciado «megaflops». La fórmula de los MFLOPS es simplemente la definición del acrónimo:
Evidentemente, una estimación en MFLOPS depende de la máquina y del programa. Como los MFLOPS se pensaron para medir el rendimiento en punto flotante, no son aplicables fuera de ese rango. Los compiladores, como ejemplo extremo, tienen una estimación de MFLOPS próxima a cero sin que importe lo rápida que sea la máquina, ya que raramente utilizan aritmética en punto flotante.
El término MFLOPS está basado en las operaciones en lugar de en las instrucciones, y se pensó para que fuera una comparación buena entre diferentes máquinas. La creencia es que el mismo programa corriendo en computadoras diferentes debe ejecutar un número diferente de instrucciones, pero el mismo número de operaciones en punto flotante. Desgraciadamente, los MFLOPS no son fiables, porque el conjunto de operaciones en punto flotante no es consistente con las máquinas. Por ejemplo, el CRAY C90 no tiene instrucción de dividir, mientras que Pentium de Intel tiene división, raíz cuadrada, seno y coseno. Otro problema observado es que la estimación en MFLOPS cambia no sólo en la mezcla de operaciones de enteros y punto flotante sino también en la mezcla de operaciones rápidas y lentas de punto flotante. Por ejemplo, un programa con el 100% de sumas en punto flotante tendrá una estimación mayor que un programa con el 100% de divisiones en punto flotante.
Además, como cualquier otra medida de rendimiento, la estimación en MFLOPS para un único programa no puede generalizarse para establecer una métrica única de rendimiento para una computadora. Como los MFLOPS normalizados representan realmente una constante dividida por el tiempo de ejecución para un programa específico y entrada específica, los MFLOPS son redundantes con el tiempo de ejecución, nuestra principal medida de rendimiento. Y, de manera distinta al tiempo de ejecución, es tentador caracterizar una máquina con una única estimación en MIPS o MFLOPS sin nombrar un programa, sin especificación la entrada/salida, sin descripción las versiones de los sistemas operativos y compiladores. Finalmente, los MFLOPS no son una medida útil para todos los programas.